어느날 피리스가 사는 마을에 찾아온 소피와 플라흐타. 소피의 연금술을
목격한 피리스는 연금술을 쓸 수 있으면 바깥 세계로 나갈 수 있을 것이라는
생각으로 소피의 제자로 들어가지만, 부모님의 반대에 부딪힙니다. 피리스는
설득을 위해 연금술을 배우기 시작하며 이야기가 시작됩니다.
피리스의 아틀리에는 연금술을 메인 테마로 하는 아틀리세 시리즈의
신작으로 전작 '소피의 아틀리에' 후속작입니다. 소피의 아틀리에~신비한
책의 연금술사 와 마찬가지로 부제가 "신비한~" 으로 시작하듯이,
스토리에 직접적인 연관은 없으나 전작의 주인공 소피와 플라흐타가
등장하는 등, 전작 플레이와 신규 플레이어가 모두 즐길 수 있는 게임으로
출시되었습니다.
피리스가 여행 도중 선택한 길은 세계에 영향을 미치게 됩니다. 예를들어
강을 건너기 위해 부서진 다리를 고치거나 동굴을 탐험하여 건너갈 수
있는데, 다리를 고치면 다른 사람들로부터 감사의 인사를 받거나, 동굴을
건너며 희귀한 광석을 채집할 수 있는 등 행동에 따라 다른 결과가 발생합니다.